Venn图在生信文章中是分析组间共同基因,组内特异基因,多组基因组合的常用方法,适用于多种处理,多个时间点,不同比较组的实验设计模式。我们接下来一起快速绘制Nature文章中的venn图。
文章标题:Capturing the interactome of newly transcribed RNA
链 接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29431736
实验设计:作者将自己研究的RICK-exclusive RBPS HeLa RNA捕获方法与文献研究的捕获方法进行比较。
文章Venn图:作者通过对不同方法捕获到的RNA进行Venn分析,发现自己的方法捕获效率高,可以大部分覆盖其他方法捕获的分子,且特异捕获分子有227个,venn图中的比较符合实验设计同时体现了RICK方法的实验可靠性,契合文章研究主题。
接下来小编使用Nature文章中同样的软件Omicsbean(www.omicsbean.cn)进行venn图绘制,免费账号(账号密码都为:omicsbean)。
原始数据为4个差异蛋白列表,ID为UniprotID,物种为拟南芥,实验设计为:植物干旱胁迫后2天,4天,8天,16天的样本。
下面一起画venn图。包括文件格式确定,文件上传,venn图绘制三步。
1.首先是上传文件的数据格式,数据格式见下图1,共四个差异列表,第一列为uniprotID,第二列为fc(差异变化值)(需要示例数据的可以在文章最后加我微信)
图1 差异列表格式
2.数据格式确定后登录omicsbean进行数据上传分析,上传方法见下图2。
3.文件上传后选择venn app,进行文件选择和绘图参数设置,点击确定开始绘制venn图。
只需要三步,venn图绘制就完成了,想获得更多绘图技能的小伙伴们快加我微信,邀请您加入omicsbean数据分析绘图交流群,我们在那等您。
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